開展南藥及其嶺南中草藥資源、藥效物質基礎及其分子生藥學基礎研究，并對代表性的南藥品種（如巴戟天、陽春砂、廣陳皮等）開展種質資源調查、資源庫建立及其健康産品研發（如藥品、保健品、化妝品）。以新産品開發與新技術産業化為突破口，使南藥資源開發朝着優質、高産、穩定、可控的方向發展，實現南藥資源的可持續利用。

“南藥種質資源及其嶺南中草藥研究與開發”是工程中心的主要發展方向，已有持續20餘年的工作基礎，發現并定名的植物新種6個，發表文章300餘篇，知識産權35件，該方向的團隊負責人是楊得坡博士。

“蟲類中藥”或“蟲藥”是中國傳統醫學體系中非常特殊的一類，傳統的蟲藥指中國傳統上用于治療、保健、診斷與預防作用的無脊椎動物類藥材，如水蛭、地鼈蟲、斑蝥，也包括部分小型脊椎動物類藥材，如蛇、壁虎、蜈蚣、蜘蛛、五谷蟲等。蟲藥是目前國際中醫藥究最為薄弱，産業化水平最低的領域之一。

本中心已有10年蟲藥研究的曆史，在五谷蟲生物質（昆蟲蛋白、昆蟲油脂）及其開發方向（生物能源、化妝品、動物添加劑）方面取得國際矚目成績，構建了五谷蟲生物醫藥産業鍊完整的知識産權保護體系，發表論文20餘篇，發明專利13件，包括歐盟專利1件，該方向的團隊負責人是楊得坡博士。

廣州比鄰南海，地理位置十分優越，該方向涉及南海海洋生物及其共附生微生物的活性代謝産物研究，迄今為止工程中心已從南海軟珊瑚、海綿、長棘海星及其它們的共附生微生物中分離得到500餘個化合物，其中新化合物近150個，篩選發現多個抗腫瘤、抗炎與抗菌活性先導化合物，并經過結構修飾改造技術得到了12個具有開發前景的先導化合物。

中山大學海洋藥物化學是中國海洋科學的先驅者與優勢學科領域，本方向（海南次生代謝産物研究）的負責人是藍文健博士，他最近10年承擔了包括國家自然科學基金、國家海洋專項、廣東省省科技廳等各類項目12項，發表論文60餘篇，發明專利11件，專著1部。

通過集成創新，把先進的現代提取與純化技術有機組合，形成一種高回收率低消耗的分離純化中藥化學對照品的技術系統，分離、純化、批量制備中藥化學對照品；采用色譜、波譜及物理學手段，對标準品進行标定，建立中藥化學對照品制備及評價關鍵技術平台，重點研究制備分離純化難度大、市場需求量大的化學對照品，并制定藥品質量标準，滿足中藥生産企業、研發單位對中藥對照品與質量标準制定的需求。

該方向（藥品質量标準制定）的團隊負責人是徐新軍博士，這是工程中心長期支持與鼓勵的技術領域，已有20餘年的研發曆史與工作基礎，僅最近5年完成的企業委托藥品标準的任務有19件，發表文章100餘篇，知識産權15件。