藥學前沿大講堂第88講-Structure-based Modeling of the Catalytic and Inhibitory Mechanisms in Enzyme-Ligand complex with hybrid QM/MM and classical MM approach

報告題目：Structure-based Modeling of the Catalytic and Inhibitory Mechanisms in Enzyme-Ligand complex with hybrid QM/MM and classical MM approach

報告人：巫瑞波博士 New York University

主持人：羅海彬副教授 太阳集团1088vip

時間：  2011年5月26日上午9:30

地點：  太阳集团1088vip125講學廳

報告人簡介：

巫瑞波， 男，1984年生，博士。2006年6月獲得廈門大學化學專業理學學士學位，2010年11月獲得廈門大學量子化學專業博士學位。在廈門大學就讀博士期間，獲得過“寶鋼優秀學生獎”以及“聯想計算化學獎”。并且通過國家公派留學的方式，從2008年9月到2010年9月在美國紐約大學(New York University)化學系進行計算生物方面的學習與研究，目前在紐約大學化學系從事博士後工作。

主要研究領域：

(1) 酶體系特别是金屬鋅酶體系的量子力學/分子力學(QM/MM)組合方法研究：主要探讨酶的内在的催化反應機制，酶結構與功能的關系，以及蛋白質與小分子(底物/抑制劑)之間的相互作用。研究涉及了磷酸葡萄糖異構酶（PGI）、鼠李糖異構酶(RhI)、甲基轉移酶(MT)、組蛋白去乙酰化酶(HDACs)、IAG-核苷水解酶(NH)、磷酸三酯酶(PTE)、固氮酶MoFe蛋白、一氧化碳脫氫酶(CODH)以及嗜熱菌蛋白酶(TLN)。

(2) 金屬鋅酶體系的力場(Force Field)發展：由于傳統力場普遍對鋅配位結構描述不好，這裡采用non-bonded模型，通過設計短程-長程有效函數(SLEF)的方案用來處理中心二價鋅離子與周圍其它原子間的靜電相互作用，并應用ab initio QM/MM Force Matching的方法，發展了Amber99SB-SLEF1力場并用于Zn酶體系的模拟。分子動力學模拟證實，相比傳統的鋅酶力場，SLEF力場的精确性及可移植性都有很大的提高。

歡迎各位師生參加！